曾几何时，在无数个宇宙中流传着那第一使者的事情……
M80天蝎星球，这里的人们一直生活在和平之中……
某一天，从太空中飞来的一颗陨石改变了他们的生活……
无数的异生兽在破坏和毁灭他们的家园……
危机时刻，天空中出现了一道银色的流星般的光芒……
那光芒之中的巨人把异生兽击退，这颗行星恢复了以往的平静……
人们为了之后异生兽的再度来袭，制造了以那银色巨人为样式的机器人——扎基……
后来因为扎基有了自我意识而暴走，并改造了异生兽来袭击M80天蝎星……
就在人们绝望的时候，有人提议要炸毁他们的母星，毕竟是自己闯出来的祸，众人都同意这样做……
M80天蝎星被来访者们炸掉之后，扎基并没有死去，而是被爆炸所产生的黑洞卷入来到了另一个宇宙……
那道银色光芒之中的巨人得知扎基没有死去的消息之后，便追赶扎基也来到了这个宇宙……
宇宙之大，想要找到扎基却是不易……
诺亚，即是那银色巨人，他在寻找扎基的过程中，发现了一头异生兽……
诺亚怕会酿成当年M80那样的情况，于是把扎基的事情先放下，优先追赶异生兽……
异生兽THE ONE被诺亚追赶而逃到了地球，诺亚也因为筋疲力尽而不得不暂时留在地球……
THE ONE在地球上附身到一名叫做有动贵文的男子身上，而诺亚在一次意外之下化为的红色光球撞毁了一名飞行员的战斗机，于是把自己的生命与那名飞行员一心同体……
那名航空自卫队飞行员的名字叫做真木瞬一，奇迹生还的真木因为The One怪物事件的影响被特殊军事机关BCST视为危险人物并进行强制禁闭监视……
BCST强制监视真木的目的是为了引诱The One的出现。可是，The One的进化能力十分惊人，迎战的自卫队无法抵抗他的攻击……
受到The One的袭击，真木舜一被打倒的时候隐藏在体内的赤色发光体发生变化。作为第二个未知生命存在的真木舜一，变身成未知生命体The Next，与The One对立……
在新宿与THE ONE战斗并将其消灭之后，真木舜一甘愿把生命还给他，并向诺亚讲述了身为父亲无法履行与儿子的约定的遗憾，奈克斯特最终被感动并救回了他的性命，后与之分离化作光沉睡在地球……
但是……
The One被消灭后的碎片进化成了强大的“异生兽”……
近来世界各地不断有“异生兽”作乱的报告，为了暗中解决这个问题，成立了世界性的防卫组织TLT的下属特种部队夜袭队NR（Night Raider），他们的任务就是秘密消灭“异生兽”……
但是，巨型“异生兽”突然出现在拥有骄人战绩的夜袭队面前，他们陷入了苦战……
就在这时，神秘的银色巨人——奈克瑟斯奥特曼出现并为夜袭队解了围……
奈克瑟斯·奥特曼的适能者——一度失踪的战地摄影师——姫矢准也出现了……
他在巨大化后，将异生兽拉到这个空间内进行战斗。随后，TLT的切斯特战机进行合体后也可以进入这个空间，与奈克瑟斯一起作战……
TLT的新队员，孤门一辉，他与和仓队长以及其他的队员一起处理着繁忙的任务……
可是自从他遇到姬矢准后便对自己的任务以及周围的环境产生了疑问：组织究竟隐藏着怎样的秘密？队员们的过去又是如何的？奈克瑟斯和异生兽的原形到底是什么？……
孤门和姬矢建立了深厚的友谊，并开始一步步地揭开谜底……
一天孤门去到女友斋田莉子家中，竟发现空无一物，而且荒废甚久，孤门觉得情况有异。追查下竟发现莉子与家人已在半年前车祸中死去……
原来莉子被某人赐予了重生的力量，但其实只是变成一个傀儡，她会在不自觉的情况下变成黑暗浮士德……
奈克瑟斯与黑暗浮士德展开最后之战时，异生兽的攻击几乎击中孤门时，莉子突然觉醒过来，为孤门挡了这一击，黑暗浮士德顿时鲜血狂喷……
当孤门回到真实空间时，莉子已陷入濒死状态，无奈孤门只能抱着她、看着她化成光消失于眼前……
浮士德事件其实幕后的黑手正是前TLT的副队长——沟吕木真也……
数年前沟吕木真也在行动中与黑暗梅菲斯特邂逅，在黑暗力量的诱惑下，沟吕木便出卖灵魂，与黑暗梅菲斯特结合……
与奈克瑟斯的多次恶斗下，两人仍分不出胜负……
这时黑暗梅菲斯特竟唤出姬矢准第一头对付的异生兽——“地狱三头犬”伽鲁贝洛斯……
姬矢准悲伤的回忆和恐惧竟再次被唤起，陷于苦战。且经过多番的战斗下，姬矢准的身体已破损不堪，加上其随后被TLT捉拿进行实验，身体情况更是雪上加霜……
此时黑暗梅菲斯特派出异生兽库土拉引诱奈克瑟斯到临终之地决战。被奈克瑟斯多次救回的夜袭队也终于对奈克瑟斯认同，更利用铬金切斯特战机的终极射线唤醒晕倒的奈克瑟斯……
奈克瑟斯与黑暗梅菲斯特终在火光中双双消失。在光芒之中孤门见到姬矢准，他便预言光会被某人继承……
当异生兽再度出现的时候，新的奥特曼出现了……
姬矢准消失后，异生兽依然继续出现，这时一个蓝色的奈克
瑟斯站立于众人眼前。战斗过后，孤门在附近一带搜查时，发现一个可疑的少年，于是便跟踪他。从伤势上，孤门可以肯定这少年便是适能者。孤门道明来意后，与少年千树怜成为了好友，并承诺会保守秘密……
TLT亦对千树怜起了疑心，派出MP的野野宫瑞生跟踪怜。不过瑞生不但跟踪失败，还与怜成为了朋友，甚至开始爱上了他……
在孤门和瑞生追查下，发现怜与一个名为「普罗米修斯之子计划」有关。在说明者的说明下得知这是一个优质因子婴儿的培育计划，怜是从美国逃出来的……
在临终之地之战后失踪的沟吕木真也再现于人前，但却失去了记忆。他更与一个父母被他间接杀害的小女孩为伴……
后来沟吕木被TLT捉拿了，在囚室间他恢复了记忆，更得知自己只是黑幕的傀儡，沟吕木决心在死前与那女孩再见面，于是胁持瑞生离开。在同一时间，黑暗梅菲斯托特的力量已与MP的三泽广之结合……
孤门和西条在追捕沟吕木真也时，三泽突然变身成黑暗梅菲斯特II攻击众人，幸好怜及时变身成奈克瑟斯阻止了黑暗梅菲斯特II，不过却陷入苦战……
恢复人性的沟吕木利用自己的意志和光再次变身成黑暗梅菲斯特，沟吕木舍命把黑暗梅菲斯特II固定，奈克瑟斯只好无奈把两人一同消灭，沟吕木最终死在了西条的怀里……
作为「普罗米修斯之子计划」的失败作，怜的身体日渐衰弱，但这次的异生兽却有展开领域的能力，使奈克瑟斯不能展开「美塔领域」，迫于无奈在真实世界作战。梅格福拉什及伽鲁贝洛斯都被打败后，「未知之手」只好利用过去所有异生兽合成强力异生兽依组麦鲁，怜亦只好冒死出战……
奈克瑟斯一直陷于苦战，在危急关头下，幸得预知者鼓励，令奈克瑟斯再次站起来并打败依组麦鲁。事后怜已疲倦得倒下，幸好补完药物「拉斐尔」及时完成，怜才得以续命……
怜之后，下一个适能者竟是西条副队长，同时石堀队员亦露出了真面目……
原来石堀队员正是黑暗扎基，而杀死西条的父母、沟吕木变成黑暗梅菲斯特都是他一手安排，目的是令西条心中充满仇恨。当西条变成奈克瑟斯时，立即被忘川侵蚀，黑暗扎基因此得到解放，而且因着西条心中充满仇恨变得更强……
孤门奋不顾身地进入忘川救回西条，而光之纽带亦于同时降临到了孤门身上。孤门联想起姬矢和怜的变身……
不过孤门仍不是扎基的对手，完全被对手牵制着。这时突然姬矢、怜出现于孤门的脑海中，奈克瑟斯立即变成了红色成年形态反击，之后孤门又变成了蓝色成年形态战斗，就在那时，人群突然想起当年的新宿事件，他们都纷纷为奈克瑟斯打气……
在人们的鼓励下，孤门终于解放出「第一来访者」的力量，变成了诺亚·奥特曼。诺亚以压倒性的实力完虐扎基，更以闪电·诺亚把扎基消灭……
事后虽然异生兽仍继续出现，但是TLT已把灾害降至最低，并且放弃替目击者洗脑的做法，每人都怀着希望为明天而战……
NEXUS，那是被继承着的光的纽带……
而现在，时光来到了未来，距离当时的事件已经过去了二十年，那时候的适能者们现在都已经过上了平稳宁静的生活，但是谁也没有想到，扎基在爆炸前的火光中被某个人救走……
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(本章完)
第1章 序章